ttyp0:makoto@my_host  9:43:41/050818(~)> /usr/pkg/bin/mysqlcheck -a -u hoge -p=foobar datbase_name
/usr/pkg/bin/mysqlcheck: Got error: 1045: Access denied \
for user 'hoge'@'localhost' (using password: YES) when trying to connect

次のような二つのプロセスが走っているので、この二つ目を kill する。

 494 ttyZ0- IW   0:00.04 /bin/sh /usr/pkg/bin/mysqld_safe \
     --user=mysql --datadir=/var/mysql --pid-file=/var/mysql/my_host.pid 
 693 ttyZ0- Rxa  0:22.23 /usr/pkg/libexec/mysqld --basedir=/usr/pkg \
     --datadir=/var/mysql --user=mysql --pid-file=/var/mysql/my_host.pid 

kill 693
しばらくすると、このプロセスがなくなるので、次のようにして --skip-grant-tables --skip-networking を付けて起動する。

sudo /usr/pkg/libexec/mysqld --basedir=/usr/pkg --datadir=/var/mysql --user=mysql --pid-file=/var/mysql/my_host.pid --skip-grant-tables --skip-networking

ここで次のようにして、-a analyze, -r repair で修復する。

 /usr/pkg/bin/mysqlcheck -a -u hoge -p=foovar databas_name
 /usr/pkg/bin/mysqlcheck -r -u hoge -p=foovar databas_name

この後に

 sudo env mysqld=YES /etc/rc.d/mysqld start

で元通りになった ... (と思ふ)