僕の理解をはるかに越えている。何故そうなるのかなぁ (もちろん試して見た)。

// .....
   ↓
<span class="comment"> //.... </span>

入力するものは:

\(//.*\)$
<span class="comment">\1</span>

これでもう一度やる時には、次のように聞いて来る。
Query replace regexp (default \(//.*\)$ -> <span class="comment">\1</span>):

後から見ると、とても簡単で、書くほどのことはない。しかし、これが 簡単に出来るかは、やって見る前には分らなかった。