\begin{tabular}の中の minipage の中に更に \begin{tabular}があって、その中に \ref{sec:hoge-template} があるので、2 パスが必要になる。
ところが、1 パス目に

 ! Undefined control sequence.
<argument> \r@sec:hoge-template 
                                   
l.369 \ref{sec:hoge-template}
                             & (p\pageref{sec:hoge-template}) ...

となってしまう。2 回目で、 元.aux の中に \newlabel 文がある時には問題ない。
止むを得ず、

\newlabel{sec:hoge-template}{{1.1}{1}}
\newlabel{sec:hoge-body}{{1.1}{1}}
\newlabel{sec:hoge-test.yyy}{{1.1}{1}}
\newlabel{sec:hoge-a-relation}{{1.1}{1}}
\newlabel{sec:foo-sample}{{1.1}{1}}

のようなものを作っておいて

\input{newlabel-dummy.tex} % strange
\begin{document}

のように読ませると、一回目からうまく行く。 変だなぁ。 「元.tex の中の 『\ref{sec:hoge-a-relation} .... 』 の行さえなければ、問題は発生しない」 らしいが、この文字をいろいろ変えても解決せず、直前の行との関係 かなと思ったり。