<http://www.gnu.org/software/gdb/bugs/>.
(gdb) file ~/avr/simulavr/simple.elf 
Reading symbols from /amd/u/u/home/makoto/avr/simulavr/simple.elf...
I'm sorry, Dave, I can't do that.  Symbol format `elf32-avr' unknown.
(gdb) 

これは、今読む file の flavour が bfd_target_elf_flavour なのに、

bfd_target_aout_flavour
bfd_target_coff_flavour
bfd_target_ecoff_flavour

しか受付けないようになっているからです。 で、どうして、それしか登録されていないかというと、 add_symtab_fns (sf=0x692ec0) at symfile.c:1875 が次のように呼ばれていて、

(gdb) bt
#0  0x00007f7ff68ecfba in _lwp_kill () from /usr/lib/libc.so.12
#1  0x00007f7ff68ec8f2 in abort () from /usr/lib/libc.so.12
#2  0x000000000049e64d in add_symtab_fns (sf=0x692ec0) at symfile.c:1875
#3  0x00000000004fa736 in _initialize_dbxread () at dbxread.c:3627
#4  0x000000000059783a in initialize_all_files () at init.c:188
#5  0x000000000056d75a in gdb_init (argv0=0x7f7ff7b06100 "work/gdb-7.6/gdb/gdb") at top.c:1726
#6  0x00000000004c4057 in captured_main (data=<optimized out>) at main.c:740
#7  0x00000000004c279b in catch_errors (func=0x4c3a78 <captured_main>, func_args=0x7f7fffffdac0, 
    errstring=0x6281a7 "", mask=6) at exceptions.c:546
#8  0x00000000004c4b05 in gdb_main (args=<optimized out>) at main.c:1050
#9  0x000000000040516a in main (argc=<optimized out>, argv=<optimized out>) at gdb.c:34
(gdb) 

この時に、上の三つしか加えていないからです。
amd64 native の init.c と比較して見ると、 _initialize_elfread (); が入っていません。

modena@makoto 16:56:52/130810(..wip/gdb)% 
diff -u  work/gdb-7.6/gdb/init.c ../avr-gdb/work/gdb-7.6/gdb/init.c |grep elfread      
-extern initialize_file_ftype _initialize_elfread;
-  _initialize_elfread ();