EMACS_VERSIONS_ACCEPTED への設定は mk.conf に書いてはいけません。
パッケージの方であるバージョンのEMACSと使えるのにEMACS_VERSIONS_ACCEPTED に設定されていないなら、そっちを直してください。

.if ${EMACS_TYPE} == emacs23 | ${EMACS_TYPE} == emacs24
はおかしいです。"||" じゃないといけないはずです。何故エラーにならないのかわかりませんが。あと、
if !empty(PKGPATH:Meditors/emacs) || !empty(PKGPATH:Meditors/emacs-snapshot)
とか書く方が安全でしょうね。

と、気付く点はありますが、うち (pkgsrc-HEAD & pkgsrc-2011Q1)では問題を再現できません。