基本は、
DEPENDS: フルに依存
BUILD_DEPENDS: build 時に依存
です。
buildlink と tools は、それ以上の何かを提供しますし、両方ともどちらの依存関係にも使えますが、通常の DEPENDS よりも buildlink のほうが好ましいという認識は間違いです。USE_TOOLS が好ましい、は正しいです。
UNIX Magazine の2009.1 にもちょっと書きましたが、この件の説明は、まじめに書くには気力がいりますので、今は無理。